İnsanlar gibi evcil hayvanların sağlığı ve refahı bağırsak mikrobiyotasına bağlıdır. Köpek ve kedilere uygun bakım ve dengeli beslenme sağlamak, onların sağlığını ve refahını korumak adına oldukça önemlidir. Ancak mikrobiyota farklılıkları patojenlere ve zararlı çevresel etkilere maruz kalmayı kolaylaştırabileceğinden, köpekleri, kedileri ve aynı zamanda sahiplerini patojenlerden korumak için yeni araçlar aramak ciddi anlamda önem taşımaktadır. Spesifik probiyotik türleri ve/veya bunların tanımlanmış kombinasyonları köpek ve kedilerin beslenmesinde, bakımında ve tedavilerinde faydalı olabilmektedir. Probiyotik takviyeleri, evcil hayvanlarda akut gastroenteritlerin önlenmesi ve tedavisinde başarılı olmuştur. Ayrıca çeşitli hastalıkların tedavilerinde vücuda anti bakteriyel ajanların kullanımı yapılmadan da iyileşme sağlanabileceği kanıtlanmıştır.  Probiyotik uygulamalarına yönelik yeni zorluklar arasında obezitenin ve aşırı kilonun korunması, ürogenital sistem enfeksiyonları, Helicobacter gastriti ve paraziter enfeksiyonlar yer almaktadır. Son yıllarda yapılan yeni araştırmalarla probiyotikler, köpek ve kedilerin sağlığının korunmasında umut verici yeni araçlar arasına girmektedir.