Rekombinant DNA teknolojisi ve ardından hızla gelişmeye devam eden genom düzenleme teknikleri sayesinde organizmalara ait genler ve genomlar manipüle edilebilmektedir. Gen veya genomlarında manipülasyon gerçekleştirilmiş organizmalar transgenik veya genetiği değiştirilmiş organizma (GDO) olarak adlandırılmaktadır. Gerek insan gerekse hayvan sağlığı ve beslenmesinde oldukça önemli olan probiyotikler de teknolojinin gelişimine paralel olarak farklı amaçlarla kullanılmak üzere geliştirilmeye başlanmıştır. Genetiği değiştirilmiş probiyotikler (GDP) yalnızca fonksiyonları artırılmış probiyotikler olarak kullanılmamakta; esas amaçlarının yanı sıra çeşitli metabolitlerin sentezlendiği biyolojik fabrikalar, hastalık teşhisinde kullanılan araçlar, tedavide hedefe yönlendirilmiş canlı ilaçlar ve koruyucu hekimlikte ise birer aşı ve immunomodülatör görevi görmektedir. Henüz Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) tarafından ilaç sınıfında değerlendirilmeyen GDPlere yönelik deneysel çalışmalar umut vericidir. Metabolik hastalıklar, enfeksiyonlar, kanser, otoimmun hastalıklar, aşılamalar, antibiyotik direnci ile mücadele, hedeflenen hastalık etkenlerinin saptanması ve yok edilmesi gibi birçok alanda gerçekleştirilen çalışmalar GDPlerin çok geniş bir alanda kullanılma potansiyeli olduğunu gözler önüne sermektedir. Bu bölümde GDPlere, kullanım alanlarına ve geleceğe ilişkin öngörülere yer verilecektir.