19. yüzyılda Bodrum; Muğla, Milas, Marmaris, Köyceğiz ve Meğri ile birlikte Menteşe Sancağı’na bağlı bir kazadır. 19. yüzyıl boyunca başta Müslümanlar ve Rumlar olmak üzere, sonraki zamanlarda Yahudilerin ve 20. yüzyılın başlarında Ermenilerin gelip yerleştiği bir kaza olmuştur. Bu süreçte, Gayrimüslim nüfusun hiçbir zaman Müslüman nüfusu geçmediği görülmektedir.
Batı Anadolu’nun güneyinde önemli bir liman şehri olan Bodrum, bulunduğu konumu itibariyle aynı zamanda önemli bir duraklama ve geçiş noktası olmuştur. Osmanlı döneminde Kırım, Kafkasya, Balkanlar, Ege Adaları ve Kuzey Afrika’dan gelen muhacirlerin limanda geçici olarak misafir edildiği ve daha sonra başka bir yere nakledildiği veya şehrin elverişli alanlarına dağıtıldığı görülmektedir.
1821 Rum İsyanı, 1828-1829 Osmanlı-Rus savaşı, 1853-1856 Kırım Savaşı, 1877-1878 Osmanlı Rus Savaşı ve 1912-1913 Balkan Savaşları esnasında ve sonrasında göçe zorlanan Müslümanlar, yanlarına taşıyabilecekleri değerli eşyalarını da alarak en yakın muhacir toplanma alanlarına sığınmışlar, akabinde kara ve deniz yolu ile Anadolu’nun çeşitli vilayetlerine sevk edilmişlerdir. Muhacirlerin en önemli sevk yerlerinden birisi de Aydın Vilayeti olmuştur. Nitekim Kırım ve Kafkasya halkından muhacirlerin yerleştirilmesi planlanırken Menteşe (Muğla) Sancağı’ndaki iskâna elverişli araziler de bu plana dâhil edilmiştir. Yine, 1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı esnasında ve sonrasında topraklarından ayrılmak zorunda kalan muhacirler için arazi araştırması yapılmış ve bu anlamda Menteşe (Muğla) Sancağı dâhilinde 18.500 dönüm arazinin iskâna elverişli olduğu tespit edilmiştir.